Nueva publicación de nuestros docentes en revista científica internacional

Vinicio Armijos docente de la carrera de Ingeniería en Biotecnología, publicó su trabajo de investigación en repositorio de acceso abierto para las ciencias biológicas bioRxiv.

El estudio muestra que la aparición del SARS-CoV-2 ha provocado más de 200,000 infecciones y casi 9,000 muertes en todo el mundo. Se cree que el nuevo virus se originó en un reservorio animal y adquirió la capacidad de infectar células humanas usando el receptor de células SARS-CoV ACE2. A raíz de la pandemia mundial, es esencial mejorar la comprensión de la dinámica evolutiva que rodea el origen y la propagación de esta nueva enfermedad infecciosa.

La teoría unidireccional pronostica que las presiones de selección deben dar forma a la evolución viral para mejorar la unión con las células huésped. De esta manera se evaluó la dinámica evolutiva en genes seleccionados de proteína de pico de betacoronavirus, para predecir dónde están estas regiones genómicas, bajo selección direccional o purificadora entre linajes virales divergentes en varias escalas de parentesco.

Con este análisis, se determinó una región dentro del dominio de unión al receptor con sitios putativos bajo selección positiva intercalados entre sitios altamente conservados, que están implicados en la estabilidad estructural de la proteína espiga viral y su unión con el receptor humano ACE2. A continuación, para obtener más información sobre los factores asociados con el reconocimiento de coronavirus del receptor del huésped humano,fue realizado un estudio de modelado de cinco coronavirus diferentes y su posible unión a ACE2.

Los resultados que se obtuvieron indican que interferir con los puentes de sal en el punto caliente 353 podría ser una estrategia efectiva para inhibir la unión y, por lo tanto, la prevención de infecciones por coronavirus. Se propone que un residuo de glicina en el dominio de unión al receptor de la glicoproteína espiga, puede tener un papel crítico al permitir que las variantes murciélago de los coronavirus infecten células humanas.

El artículo se titula: “SARS-CoV-2, an evolutionary perspective of interaction with human ACE2 reveals undiscovered amino acids necessary for complex stability””.

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Pueden encontrar éste y otros artículos completos publicados por nuestros estudiantes y docentes en la sección de Publicaciones.

 

Horarios Semestre 2020-2

HORARIOS

Para conocer los horarios 2020-2 definidos por la carrera de Ingeniería en Biotecnología para todos los semestres, por favor revisen el siguiente documento:

Horarios Semestre 2020-2

 Nota: Seminario debe tomarse a la par con Metodología de titulación (MET), ambas asignaturas deben tomarse únicamente si se va a egresar. Para lo cual se deberá haber aprobado todas materias de la malla incluido inglés.

Nueva publicación de nuestros graduados en revista científica internacional

Doménica López, Leonardo Estrada, y Timothy Páez, graduados de la carrera de Ingeniería en Biotecnología, con el apoyo de investigadores de la Dirección General de Investigación (DGI) de la Universidad, publicaron su trabajo de investigación en la editorial científica internacional In Vitro Cellular & Developmental Biology – Plant.

El estudio efectuado demostró que los oligosacáridos de xiloglucano (XGO), derivados de la hidrólisis de xiloglucano de la pared celular de la planta, son una nueva clase de bioestimulantes que ejercen efectos positivos sobre el crecimiento y la morfología de la planta y pueden mejorar la tolerancia al estrés de la planta.

El objetivo de este estudio fue determinar la influencia de la aplicación de XGOs exógenas de Tamarindus indica L. derivadas de la pared celular sobre la tolerancia de Nicotiana tabacum L. al estrés salino mediante la evaluación de cambios morfológicos, fisiológicos y metabólicos.

Para lo cual las plantas de N. tabacum se cultivaron en medio gelificado con agar durante 2 meses bajo estrés salino con 100 mM de cloruro de sodio (NaCl) ± 0,1 μM de XGO. Midiendose el porcentaje de germinación (GP), el número de hojas (NL), el área foliar (FA), la longitud de la raíz primaria (PRL) y la densidad de las raíces laterales (DLR).  Además, las plantas de N. tabacum de 21 días no afectadas se trataron con un shock salino (NaCl 100 mM) ± XGO 0,1 μM. Se cuantificarón los niveles de prolina, clorofila total y carbonilo total, además del grado de peroxidación lipídica y las actividades de cuatro enzimas relacionadas con el estrés oxidativo.

Los resultados obtenidos mostraron que los XGO mejoraron significativamente el desarrollo de plantas de N. tabacum después de la exposición al estrés salino. Los XGO causaron un aumento significativo en NL y PRL, promovieron la formación de raíces laterales y produjeron un aumento en el contenido de prolina y clorofila total, al tiempo que redujeron la oxidación de proteínas y la peroxidación de lípidos. Aunque los XGO modulaban la actividad de las enzimas analizadas, no eran estadísticamente diferentes del control de sal.

Finalmente se concluyó que los XGO pueden actuar como inductores metabólicos que desencadenan las respuestas fisiológicas que contrarrestan los efectos negativos del estrés oxidativo en condiciones salinas.

El artículo se titula: “Increased salinity stress tolerance of Nicotiana tabacum L. in vitro plants with the addition of xyloglucan oligosaccharides to the culture médium

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Nueva publicación de nuestros estudiantes en revista científica internacional

Alejandra Garzón, Kelly Maldonado y Camilo Ávila, estudiantes de la carrera de Ingeniería en Biotecnología, con el apoyo de investigadores de la Dirección General de Investigación (DGI) de la Universidad, publicaron su trabajo de investigación en la editorial científica internacional Elsevier.

El estudio nos muestra que la población ecuatoriana está compuesta principalmente por mestizos, un grupo étnico cuyos orígenes se remontan a eventos de mezcla en los períodos postcolombinos, incluidos amerindios, europeos y africanos. Razón por la cual, es importante dilucidar su complejidad genética, aumentando así los registros ecuatorianos en bases de datos locales y globales, ayudando en futuros análisis forenses y estudios evolutivos.

En el estudio se analizaron 101 haplotipos de individuos varones mestizos autodeterminados mediante el sistema PowerPlex Y23. La asignación del haplogrupo fue evaluada comparando tres haplogrupos Y-STR en algoritmos de silico.

Noventa y nueve haplotipos fueron encontrados como únicos; por lo tanto, la diversidad de haplotipos para esta población fue 0.9998 +/− 0.0014. Mediante la predicción del haplogrupo encontramos linajes nativos (41%) y linajes no nativos americanos (59%). La comparación entre predictores mostró asignaciones de haplogrupos similares.

El artículo se titula: “A look of paternal ancestry in a sample of Ecuadorian “MESTIZO” population analyzed through PowerPlex Y23”

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Nueva publicación de nuestros estudiantes en revista científica internacional

Kelly Maldonado, estudiante de la carrera de Ingeniería en Biotecnología, con el apoyo de investigadores de la Dirección General de Investigación (DGI) de la Universidad, publicó su trabajo de investigación en la editorial científica internacional Elsevier.

El estudio nos muestra que las leyes colombianas requieren que los valores de probabilidad de prueba de paternidad sean superiores al 99,99% para probar la relación biológica. El laboratorio IdentiGEN actualmente usa 23 marcadores genéticos autosómicos incluidos en los kits comerciales Identifiler®, PowerPlex®16, FFFL® y Triplex®; sin embargo, en algunos casos complejos, el número de marcadores no es suficiente para alcanzar el umbral estadístico legal.

El kit IdentiPLEX, que consta de 19 marcadores, seleccionados de las bases de datos NIST y STRbase, fue desarrollado y validado de acuerdo con los requisitos establecidos por la norma NTC-ISO17025. Estos incluyen, entre otros, estudios de precisión, especificidad, sensibilidad, proporción de tartamudeo y pruebas de concordancia.

Los parámetros forenses y de población también se calcularon utilizando Powerstats y el software Arlequin V3.5.2. Estos análisis permitieron concluir que el kit identiplex es apropiado para el trabajo de casos de análisis de rutina, y más específicamente para resolver casos criminales y de filiación complejos.

El artículo se titula: “IdentiPLEX: A new STR kit for human identification developed and validated at IdentiGEN laboratory in Colombia”

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Nueva publicación de nuestros estudiantes en revista científica internacional

Camilo Ávila, estudiante de la carrera de Ingeniería en Biotecnología, con el apoyo de investigadores de la Dirección General de Investigación (DGI) de la Universidad, publicó su trabajo de investigación en la editorial científica internacional Elsevier.

El estudio nos muestra que la prueba de ADN es el estándar de oro para la filiación biológica y la identificación humana, basada principalmente en una gran cantidad de polimorfismos de STR, que son causados principalmente por mutaciones relativamente frecuentes. Los cambios en el tamaño de los alelos en las secuencias STR se asocian frecuentemente con estas mutaciones, causando alteraciones en los cálculos estadísticos de las pruebas, lo que reduce el índice de paternidad (PI). Para evitar tales alteraciones y obtener una probabilidad de paternidad (W) superior al 99,99%, es necesario aumentar el número de RTS analizados y conocer la frecuencia de aparición de estas mutaciones.

En el presente estudio, se analizaron 17 STR en un total de 11,077 casos, según los informes de paternidad emitidos por el Laboratorio IdentiGEN, centrados principalmente en la población de Antioquia, durante 14 años (2005–2018).

Se encontraron un total de 251 mutaciones en todos los casos estudiados; de estos, 247 fueron mutaciones de un paso, 3 fueron de dos pasos y solo se observó una mutación de tres pasos.

El artículo se titula: “An update of STR mutation rates from paternity tests analyzed in a 14 year period (2005–2018) at IdentiGEN lab, Universidad de Antioquia, Colombia”

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Nueva publicación de nuestros graduados en revista científica internacional

Rodrigo Flores, graduado de la carrera de Ingeniería en Biotecnología, con el apoyo de investigadores de la Dirección General de Investigación (DGI) de la Universidad, publicó su trabajo de investigación en la editorial científica internacional Elsevier.

El estudio efectuado nos muestra que la resina Chelex ha sido desarrollada y ampliamente utilizada para extraer ADN de diferentes muestras de tipo forense. Sin embargo, ningún estudio ha demostrado la conservación de las muestras extraídas a lo largo del tiempo en muestras de hisopos bucales y sangre en tarjetas FTA.

Para este estudio se probaron tres métodos de extracción de ADN: Chelex 10% -Proteinase K (CHK), Phenol Chloroform (PC) y Chelex 10% -Proteinase K purified with Phenol Chloroform (CHK + PC) en dos tipos diferentes de muestras: sangre almacenado sobre tarjetas FTA y muestras de hisopos bucales.

El gen de beta-actina (136 pb) se amplifica por PCR a los 0, 4 y 8 meses, los perfiles de STR y la amplificación del ADN mitocondrial (1200 pb) se realizaron a los 15 meses para verificar la calidad del ADN. Estos resultados sugieren la importancia de elegir el método de extracción de ADN que garantice la conservación de muestras de ADN forenses o de referencia para futuros estudios o pruebas forenses.

El artículo se titula: “Efficient preservation of DNA extracted from blood in FTA cards by Chelex method”

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Nueva publicación de nuestros graduados en revista científica internacional

Rodrigo Flores, José Yépez, y Alejandra Garzón, graduados de la carrera de Ingeniería en Biotecnología, con el apoyo de investigadores de la Dirección General de Investigación (DGI) de la Universidad, publicaron su trabajo de investigación en la editorial científica internacional Elsevier.

El estudio efectuado demostró que el análisis de ADN mitocondrial se presenta como una herramienta poderosa para estudiar la herencia materna entre las poblaciones. También es útil inferir el origen geográfico y las relaciones entre individuos y muestras de población.

Los resultados obtenidos, mostraron que alrededor del 96% de los individuos analizados tenían linajes maternos nativos americanos. Según las distancias genéticas, Ecuador mostró diferencias significativas con otras poblaciones de América del Sur, excepto en la comparación con otra muestra de mestizos ecuatorianos, como se esperaba.

 

El artículo se titula: “An approach to maternal ancestry in a sample of Ecuadorian “mestizo” population by sequencing the control region of mtDNA”

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Nueva publicación de nuestros docentes en revista científica internacional

Emilia Vasquez, Vinicio Armijos y Eduardo Tejera  docentes de la carrera de Ingeniería en Biotecnología y a Humbert González-Díaz de la Universidad del País Vasco y Fundación Ikerbasque, quienes publicaron su trabajo de investigación en la revista científica internacional ACS Molecular Pharmaceutics..

El estudio muestra que las infecciones retrovirales como el VIH, son hasta ahora enfermedades sin cura. La medicina y la química farmacéutica necesitan y consideran que es un objetivo enorme definir las proteínas objetivo de los nuevos compuestos antirretrovirales.  ChEMBL gestiona las características de Big Data con un conjunto de datos complejo, que es difícil de organizar. Esto permite que la información sea difícil de analizar debido a la gran cantidad de características descritas para predecir nuevos candidatos a fármacos para infecciones retrovirales.

Por esta razón, los investigadores propusieron desarrollar un nuevo modelo predictivo que combine las bases de la teoría de perturbaciones (PT) y el modelado de aprendizaje automático (ML) para crear una nueva herramienta que pueda aprovechar toda la información disponible.

El modelo propuesto es el primero en considerar múltiples características de los ensayos antirretrovirales experimentales preclínicos combinados, generando un instrumento simple, útil y adaptable, que podría reducir el tiempo y los costos en la investigación de medicamentos antirretrovirales.

El artículo se titula: “Multioutput Perturbation-Theory Machine Learning (PTML) Model of ChEMBL Data for Antiretroviral Compounds”.

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