Pablo Viteri graduado, Vinicio Armijos y  Eduardo Tejera docentes de Ingeniería en Biotecnología,  publicaron su trabajo de investigación

Los estudios de la evolución de fenotipos antidepredadores, como las señales aposemáticas, han resultado informativos para demostrar el papel de la selección en la divergencia fenotípica. Oophaga pumilio muestra una gran variación en ambos elementos de sus señales aposemáticas; señales visuales que consisten en patrones de color, así como sus defensas químicas alcaloides donde una rana individual puede poseer docenas de tipos de alcaloides. Por lo tanto, desenredar la función de los alcaloides individuales es complicado debido a los diversos modos de defensas químicas, lo que dificulta las comparaciones simples entre los niveles de “toxicidad” relativa entre poblaciones hasta que podamos dilucidar las capacidades defensivas de los alcaloides.

En este estudio se ha modelado la afinidad de unión de los alcaloides más abundantes que se encuentran en poblaciones divergentes de O. pumilio descubriéndose que tenía una alta afinidad por unirse con los receptores muscarínicos de acetilcolina en varias clases de depredadores potenciales. Los experimentos de interacción molecular y acoplamiento indican que las interacciones entre los receptores alcaloides y muscarínicos están altamente conservadas, y los propios receptores muscarínicos muestran evidencia de una fuerte selección purificadora. Por lo tanto, predecimos que la redundancia funcional es plausible entre los alcaloides más comunes frente a objetivos comunes, y es probable que estos alcaloides funcionen de manera similar en diversos conjuntos de depredadores. Esto proporciona una base predecible de defensas para esta combinación de alcaloides y receptores entre poblaciones divergentes que varían en señales aposemáticas.

El artículo se titula:“Modeling defensive functions of alkaloids within diverse chemical portfolios”

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Andrea Beltran, Mabel Guevara graduadas y Eduardo Tejera docente de Ingeniería en Biotecnología,  publicaron su trabajo de investigación

Ocimum se considera el género más grande de la familia Lamiacea. El género incluye la albahaca, un grupo de plantas aromáticas con una amplia gama de usos culinarios que hoy en día llama la atención por su potencial medicinal y farmacéutico. Esta revisión sistemática tiene como objetivo explorar la composición química de los aceites no esenciales y su variación entre diferentes especies de Ocimum. Además, el objetivo fue identificar el estado del conocimiento sobre el espacio molecular en este género, así como los diferentes métodos de extracción/identificación y ubicación geográfica.

Se seleccionaron setenta y nueve artículos elegibles para el análisis final, del cual extrajimos más de 300 moléculas. Encontrando que los países con mayor número de estudios sobre especies de Ocimum son India, Nigeria, Brasil y Egipto. Sin embargo, de todas las especies conocidas de Ocimum, sólo 12 tuvieron una caracterización química extensa, particularmente Ocimum basilicum y Ocimum tenuiflorum. Este estudio se centró especialmente en extractos alcohólicos, hidroalcohólicos y acuosos, en los que las principales técnicas para la identificación de compuestos son GC-MS, LC-MS y LC-UV. Entre las moléculas compiladas, encontraron una amplia variedad de compuestos, especialmente flavonoides, ácidos fenólicos y terpenoides, lo que sugiere que este género podría ser una fuente muy útil de posibles compuestos bioactivos. La información recopilada en esta revisión también enfatiza la enorme brecha entre la gran cantidad de especies de Ocimum descubiertas y la cantidad de estudios en cada una de ellas que determinaron la caracterización química.

El artículo se titula:“Exploring the Chemistry of Ocimum Species under Specific Extractions and Chromatographic Methods: A Systematic Review”

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Andrea Córdoba, Sofia Jimenes graduadas y Yasel Guerra docente de Ingeniería en Biotecnología,  publicaron su trabajo de investigación

Durante décadas, las gorgonias y los corales blandos se han considerado fuentes prometedoras de compuestos bioactivos, lo que ha atraído el interés de científicos de diferentes campos. Como los compuestos bioactivos más abundantes dentro de estos organismos, los terpenoides, esteroides y alcaloides han recibido la mayor cobertura en la literatura científica. Sin embargo, los inhibidores de enzimas, una clase funcional de compuestos bioactivos con un alto potencial para la industria y la biomedicina, han recibido mucha menos notoriedad.

Así, se ha revisado la literatura científica (1974-2022) en el campo de los productos naturales marinos en busca de inhibidores enzimáticos aislados de estos grupos taxonómicos. En esta revisión, se presentan inhibidores enzimáticos representativos desde una perspectiva enzimológica, destacando, cuando estén disponibles, datos sobre objetivos, estructuras, potencias, mecanismos de inhibición y funciones fisiológicas específicas de estas moléculas. Como la mayoría de los estudios de caracterización de los nuevos inhibidores siguen incompletos, también se incluye una sección metodológica que presenta una estrategia general para afrontar este objetivo mediante el cumplimiento de las directrices del proyecto STRENDA (Standards for Reporting Enzymology Data).

El artículo se titula:”Enzyme Inhibitors from Gorgonians and Soft Corals”

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Vinicio Armijos, Eduardo Tejera y Yasel Guerra docentes de Ingeniería en Biotecnología,  publicaron su trabajo de investigación.

La familia de inhibidores de tripsina de soja Kunitz (Kunitz-STI) es una gran familia de proteínas y la mayoría de sus miembros son inhibidores de proteasa. La versatilidad del perfil inhibidor y la plasticidad estructural de estas proteínas hacen de esta familia un andamio prometedor para el diseño de nuevas proteínas multifuncionales. Históricamente, los inhibidores de Kunitz-STI se han clasificado como inhibidores canónicos de serina proteasa, pero en los últimos años se han descrito nuevos inhibidores con nuevos mecanismos de inhibición. Diferentes mecanismos de inhibición podrían ser el resultado de diferentes vías evolutivas. En el presente trabajo, se ha realizado un análisis estructural de todas las estructuras cristalográficas disponibles para los inhibidores de Kunitz-STI para caracterizar las características y ubicaciones estructurales del bucle de unión de serina proteasa.

El estudio sugiere una relación entre la conformación de los bucles de unión de serina proteasa y el mecanismo de inhibición, su ubicación en el pliegue del trébol β y la fuente vegetal de los inhibidores. Los inhibidores canónicos clásicos de esta familia están restringidos a plantas del orden Fabales y se unen a sus objetivos a través del bucle β4-β5, mientras que los bucles de unión a serina proteasa en inhibidores de otras plantas se encuentran principalmente en los bucles β5-β6 y β9-β10. Además, se encontró que el bucle β5-β6 se utiliza para inhibir dos familias diferentes de serina proteasas a través de un mecanismo de inhibición del bloqueo estérico. Este trabajo ayudará a cambiar la percepción general de que todos los inhibidores de Kunitz-STI son inhibidores canónicos y las proteínas con bucles de unión a proteasas que adoptan conformaciones no canónicas son excepciones. Además, estos resultados ayudarán en la identificación de bucles de unión a proteasas en inhibidores no caracterizados o recientemente descubiertos, y en el diseño de proteínas multifuncionales.

El artículo se titula: “Canonical or noncanonical? Structural plasticity of serine protease-binding loops in Kunitz-STI protease inhibitors”

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